Autyzm ma szereg cech, które występują również w przypadku innych zaburzeń. Należą do nich: zaburzenia w sferze poznawczej, które obserwujemy również w przypadku dzieci z upośledzeniem umysłowym; zaburzenia mowy, które są jedną z cech charakteryzujących także dzieci z niepełnosprawnością intelektualną i afazją. Autyzm ma najwięcej cech wspólnych ze schizofrenią dziecięcą, Rozległym Zaburzeniem Rozwojowym, afazją rozwojową, upośledzeniem umysłowym oraz deprywacją środowiskową ( Environmental deprivation).
Dzieci ze schizofrenią dziecięcą mają kilka cech, które występują również w przypadku zaburzenia autystycznego. Należą do nich trwałe zaburzenia w sferze stosunków społecznych, niechęć do zmian w otoczeniu, zaburzenia mowy, niewłaściwe reakcje emocjonalne. Są jednak cechy, które znacznie różnią schizofrenię od autyzmu. Pierwszą jest wiek, w którym uwidacznia się zaburzenie: w przypadku autyzmu zachowania ujawniają się przed trzecim rokiem życia, w schizofrenii symptomy uwidaczniają się między 3 a 12 rokiem życia. Autyzm w porównaniu ze schizofrenią charakteryzuje się wczesnym pojawieniem się symptomów, znacznie mniejszym powiązaniem z chorobami psychicznymi w rodzinie, normalnym, lub nawet przyspieszonym rozwojem fizycznym, niższym poziomem inteligencji, brakiem okresów normalnego rozwoju po ujawnieniu się symptomów zaburzenia, niemożnością rozwijania kompleksowych zachowań społecznych i zaawansowanej mowy.
Dzieci z diagnozą Inne Rozległe Zaburzenie Rozwojowe (nie dające się opisać w inny sposób) wykazują zaburzenia w zakresie zachowań społecznych, ale nie w formie obojętności w stosunku do otoczenia. Widoczne są u nich nieprawidłowości w rozwoju mowy, ale są one inne lub mniejsze niż w przypadku autyzmu. Obserwuje się również zaburzenia w rozwoju ruchowym (American Psychiatric Association, 1987; Mesibov, Dawson, 1986).
Afazję rozwojową charakteryzuje znaczne opóźnienie rozumienia mowy i wokalnej ekspresji języka lub całkowity brak mowy. Dzieci te mają kilka cech wspólnych z autyzmem. Należą do nich echolalia, niewłaściwe używanie zaimków osobowych, zachowania rutynowe oraz trudności w rozumowaniu (Churchill, 1972). Mogą mieć również problemy w zakresie zachowań społecznych, ale są one zazwyczaj znacznie mniejsze niż trudności z mową (Ornitz, Ritvo, 1976). Zaburzenia rozwoju mowy w przypadku dzieci z autyzmem są znacznie poważniejsze i szersze niż w przypadku dzieci z afazją (Churchill, 1972; Rutter, Bartak, Newman, 1971). Dzieci z afazją nawiązują kontakt wzrokowy, komunikują się przy pomocy gestów, wyrażają emocje, potrafią bawić się w zabawy wymagające użycia wyobraźni (American Psychiatric Association, 1987; Griffith, Ritvo, 1967; Wing, 1976). Mają także wyższy poziom inteligencji niż dzieci z autyzmem.
Zarówno dzieci z upośledzeniem umysłowym jak i dzieci z autyzmem charakteryzuje obniżone funkcjonowaniem intelektualnym (Rutter, 1978). Oba te zaburzenia mają kilka wspólnych cech jak: echolalie, autostymulacje, zachowania autoagresywne oraz zaburzenia koncentracji uwagi. Są jednak pewne zachowania, które różnią te dwie jednostki diagnostyczne. Wiele dzieci upośledzonych ma właściwe reakcje emocjonalne i zachowania społeczne. Dzieci te często przejawiają chęć do komunikowania się mimo, że ich umiejętności porozumiewania są opóźnione. Dzieci z autyzmem rozwijają się fizycznie prawidłowo, zaś dzieci z upośledzeniem umysłowym nie ( Schreibman, Mills, 1983). Najbardziej interesującą różnicą jest sposób zaburzenia funkcjonowania intelektualnego. U dzieci z upośledzeniem umysłowym opóźniony jest rozwój wszystkich sfer. W przypadku autyzmu profil rozwoju nie jest jednorodny. Niektóre sfery jak rozumienie i posługiwanie się mową są słabsze, a inne, jak wzrokowo - przestrzenna percepcja, mogą być na znacznie wyższym poziomie (Rutter, 1978),.
Niektóre cechy autyzmu mogą być podobne do zachowań opisywanych jako deprywacja środowiskowa (environmental deprivation) (Schreibman, 1988). Deprywacja środowiskowa charakteryzuje się opóźnieniem rozwoju, które jest rezultatem zaniedbania, niewłaściwego wychowania albo hospitalizacji. Dzieci z tym zaburzeniem są wyizolowane od otoczenia, wykazują opóźnienia w rozwoju ruchowym i rozwoju mowy, angażują się w nietypowe aktywności ruchowe, wykazują niewielkie zainteresowanie zabawkami (Ornitz, Ritvo, 1976). Zachowania te są podobne do cech obserwowanych u dzieci z autyzmem, ale ich funkcjonowanie może znacznie się polepszyć w momencie zmiany otoczenia. Jeżeli stworzy się im odpowiednie warunki, to takie sfery jak mowa, rozwój ruchowy i społeczny mogą ulec znacznej poprawie (Ornitz, Ritvo, 1976; Schaffer 1965) . Dzieci zaniedbane środowiskowo nie wykazują cech charakterystycznych dla autyzmu, jak: zabawy stereotypowe, echolalia, niewłaściwe używania zaimków osobowych, nie nawiązywanie kontaktów społecznych (Ornitz, Ritvo, 1976).